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ChatGPT 影響藥物發(fā)現(xiàn)的四種方式
更新時(shí)間:2023-02-17  【關(guān)閉


(來源:網(wǎng)絡(luò))

不可能在網(wǎng)上聽不到 ChatGPT,這是 OpenAI 于 2022 年 11 月推出的備受爭議的聊天機(jī)器人。在這里,DDW 的 Diana Spencer 探討了 ChatGPT 和類似技術(shù)可能改變藥物發(fā)現(xiàn)和開發(fā)未來的方式。

Chat Generative Pre-Trained Transformer(或 ChatGPT)是一種對(duì)話式聊天機(jī)器人,旨在像人類一樣進(jìn)行交互。創(chuàng)建者 OpenAI 在測試階段免費(fèi)提供原型程序,并鼓勵(lì)用戶分享他們的反饋。

在公司網(wǎng)站上,OpenAI 表示:“對(duì)話格式使 ChatGPT 能夠回答后續(xù)問題、承認(rèn)錯(cuò)誤、挑戰(zhàn)不正確的前提并拒絕不適當(dāng)?shù)恼?qǐng)求?!?/span>

根據(jù)維基百科:“它具有編寫和調(diào)試計(jì)算機(jī)程序、創(chuàng)作音樂、電視劇、童話和學(xué)生論文的能力;回答測試問題(有時(shí)根據(jù)測試,水平高于普通人類測試者);寫詩和歌詞;模擬 Linux 系統(tǒng);模擬整個(gè)聊天室;玩填字游戲;以及模擬 ATM?!?/span>

這種多功能性,加上給出錯(cuò)誤答案的傾向,導(dǎo)致人們擔(dān)心將不再可能依賴實(shí)時(shí)的在線互動(dòng),更不用說互聯(lián)網(wǎng)上提供的信息的準(zhǔn)確性了。

那么,像這樣的軟件如何影響藥物發(fā)現(xiàn),這個(gè)迄今為止已經(jīng)應(yīng)用人工智能 (AI) 可能性的行業(yè)?


1學(xué)術(shù)研究


2023 年 1 月,《自然》雜志報(bào)道說,ChatGPT 被列為學(xué)術(shù)論文的特約作者,這表明學(xué)術(shù)研究人員已經(jīng)開始在他們的研究中使用該機(jī)器人。許多期刊出版商爭辯說,聊天機(jī)器人不能被列為作者,并且被迫制定關(guān)于如何在研究環(huán)境中使用或不使用它的政策。ChatGPT 撰寫令人信服的論文的能力也是一個(gè)值得關(guān)注的領(lǐng)域,并導(dǎo)致人們擔(dān)心學(xué)校和大學(xué)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)形式,將成為過去。為了打擊學(xué)術(shù)剽竊,學(xué)生 Edward Tian 創(chuàng)建了一個(gè)應(yīng)用程序,可以區(qū)分聊天機(jī)器人GPTZero和人類編寫的文本 ,這可以為書面評(píng)估的未來帶來一些希望。使用該軟件撰寫論文實(shí)際上可能不會(huì)給學(xué)生或研究人員帶來優(yōu)于同齡人的優(yōu)勢,但是,因?yàn)樵S多人發(fā)現(xiàn)當(dāng)需要深入研究科學(xué)知識(shí)時(shí),聊天機(jī)器人的回答并不準(zhǔn)確。阿姆斯特丹的業(yè)務(wù)開發(fā)人員兼科學(xué)家 Lorenzo Bombardelli 在 LinkedIn 上發(fā)帖稱:“我很好奇#AI monster #chatGPT 是否真的可以取代數(shù)百小時(shí)的學(xué)習(xí)時(shí)間和多年的工作經(jīng)驗(yàn)。鑒于一些大學(xué)已經(jīng)禁止它,擔(dān)心任何人都會(huì)突然通過任何考試,我試著提出一個(gè)需要#genetics 特定知識(shí)的艱難科學(xué)問題?!?/span>在回應(yīng)“建議光誘導(dǎo)重組酶”的請(qǐng)求時(shí),ChatGPT 提供了一個(gè)寫得很好且令人信服的錯(cuò)誤答復(fù),證明像這樣的 AI 在能夠匹配或模仿一個(gè)博覽群書的研究人員之前還有很長的路要求。


2監(jiān)管事務(wù)


ChatGPT 在藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域進(jìn)行測試的一種方式是在監(jiān)管事務(wù)方面。Pharmavibes 網(wǎng)站表明,它可以成為有關(guān)不同國家法規(guī)的有用信息來源,并幫助公司了解與其產(chǎn)品相關(guān)的法規(guī)。它還建議公司在向監(jiān)管機(jī)構(gòu)提交申請(qǐng)時(shí)可以使用 ChatGPT。它向 ChatGPT 詢問了與藥品法規(guī)相關(guān)的各種非常詳細(xì)的問題,并分享了詳細(xì)的答復(fù),但警告說,在將 ChatGPT 提供的任何信息納入申請(qǐng)之前,都應(yīng)該對(duì)其進(jìn)行檢查。總的來說,作者似乎印象深刻并得出結(jié)論:“程序給出的結(jié)果與人工反饋的類似,如果 chatGPT 是人工智能為監(jiān)管事務(wù)可能帶來的附加值的一線曙光,那么它看起來很有前途,我期待著體驗(yàn)未來迭代的算法程序。


3計(jì)算化學(xué)


在最近的一項(xiàng)研究中,美國密歇根州立大學(xué)化學(xué)系的 Gaurav Sharma 和 Abhishek Thakurb 測試了 ChatGPT 在藥物發(fā)現(xiàn)過程中的能力,尤其是計(jì)算化學(xué)。為了響應(yīng)他們的許多請(qǐng)求,研究人員發(fā)現(xiàn) ChatGPT 準(zhǔn)確且有用。它能夠計(jì)算化合物的多重性,為高斯軟件生成輸入文件并找到所需的 PDB(蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫)文件。它對(duì)于文獻(xiàn)檢索、檢查抄襲和編寫基本代碼也很有用。然而,他們發(fā)現(xiàn)在回答復(fù)雜問題以及提供 FASTA 序列和 ADMET 屬性方面存在不足。Sharma 和 Thakurb 認(rèn)為 ChatGPT 可以在識(shí)別和驗(yàn)證新藥物靶點(diǎn)、設(shè)計(jì)新藥、優(yōu)化藥物特性、評(píng)估毒性以及生成藥物相關(guān)的報(bào)告和論文方面發(fā)揮重要作用。他們總結(jié)道:“值得重視的是,ChatGPT 只是藥物發(fā)現(xiàn)中使用的眾多工具之一,它不能替代實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和臨床試驗(yàn)。然而,通過提供一種經(jīng)濟(jì)高效的方式來處理大量數(shù)據(jù)和產(chǎn)生新知識(shí),ChatGPT 可以幫助研究人員做出更明智的決策并加速藥物發(fā)現(xiàn)過程?!?/span>


4蛋白質(zhì)語言模型


雖然 ChatGPT 可能有其局限性,但研究人員已經(jīng)在研究其背后技術(shù)的可能性——自然語言處理。該方法需要訓(xùn)練 AI 程序來分析和合成蛋白質(zhì),就像 ChatGPT可以教它識(shí)別和真實(shí)地響應(yīng)語言請(qǐng)求一樣。Karen Hao 在《華爾街日?qǐng)?bào)》中解釋說:“這些模型對(duì)所謂的蛋白質(zhì)語法進(jìn)行編碼——控制哪些氨基酸組合產(chǎn)生特定治療特性的規(guī)則——以預(yù)測可能成為新藥物分子基礎(chǔ)的字母序列. 因此,藥物發(fā)現(xiàn)早期階段所需的時(shí)間可能會(huì)從幾年縮短到幾個(gè)月?!?/span>各種成熟和初創(chuàng)公司現(xiàn)在都在使用這種方法來優(yōu)化已知分子,希望該技術(shù)能夠找到迄今為止被認(rèn)為不可成藥區(qū)域的改進(jìn)方法。



ChatGPT在藥物發(fā)現(xiàn)方面的未來前景:

 1.識(shí)別和驗(yàn)證新的藥物靶點(diǎn):ChatGPT可以在以下數(shù)據(jù)集上進(jìn)行微調(diào)科學(xué)文獻(xiàn),用于生成特定疾病或生物目標(biāo)的最新研究摘要。這可以幫助研究人員快速確定新的潛在目標(biāo),或更好地了解特定領(lǐng)域的研究現(xiàn)狀。 2.設(shè)計(jì)新藥:ChatGPT可以在已知藥物如分子,用于生成具有類似官能團(tuán)的新化學(xué)結(jié)構(gòu)。這可以幫助研究人員確定,在臨床前和臨床研究中成功幾率更高的新先導(dǎo)化合物。 3.優(yōu)化藥物化合物庫 :ChatGPT 可用于預(yù)測藥物動(dòng)力學(xué)和并支持早期藥物發(fā)現(xiàn)中的虛擬篩選 4.評(píng)估毒性:ChatGPT可以根據(jù)毒性數(shù)據(jù)集進(jìn)行微調(diào),并用于預(yù)測新藥的預(yù)期毒理數(shù)據(jù)。 5.ChatGPT可以在已知類藥物分子的數(shù)據(jù)集上進(jìn)行微調(diào),并用于生成具有類似官能團(tuán)的新化學(xué)結(jié)構(gòu)。這可以幫助研究人員確定在臨床前和臨床研究中成功幾率更高的新先導(dǎo)化合物。


缺點(diǎn):

雖然ChatGPT可以成為藥物發(fā)現(xiàn)的強(qiáng)大工具,但使用該技術(shù)也存在一些潛在的缺點(diǎn): 1.對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量和可用性的依賴:ChatGPT僅與它所擁有的數(shù)據(jù)一樣好,如果數(shù)據(jù)不完整、有偏差或不準(zhǔn)確,模型的預(yù)測可能不可靠。 2.缺乏實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證:ChatGPT可以生成預(yù)測和假設(shè),但它不能進(jìn)行實(shí)驗(yàn)或測量化合物的資源。因此,需要通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證模型所做的預(yù)測。 3.對(duì)潛在生物學(xué)的理解有限:雖然 ChatGPT 可以給出像人工一樣的答案,但它不理解模擬生物學(xué)系統(tǒng)的潛在意義。因此,模型做出的預(yù)測可能并不總是反映系統(tǒng)的真實(shí)復(fù)雜性。 4.可解釋性有限 :ChatGPT 和其他機(jī)器學(xué)習(xí)模型一樣闡述,并且并不總是清楚模型是如何得出特定預(yù)測的。 5.處理不確定性的局限性:ChatGPT是一個(gè)確定性模型,它無法解釋數(shù)據(jù)和預(yù)測的不確定性。 6.缺乏透明度:ChatGPT是一個(gè)黑箱模型,很難理解、闡述模型的內(nèi)部工作原理,這會(huì)使人們難以相信模型的預(yù)測結(jié)論。


綜上所述

ChatGPT 具有巨大的潛力,與其他聊天機(jī)器人相比肯定要先進(jìn)得多,但現(xiàn)在還處于早期階段,而且可能還需要很長時(shí)間,我們才能完全依賴 AI 聊天機(jī)器人。必須承認(rèn)當(dāng)前軟件的缺點(diǎn)和不足,OpenAI 首席執(zhí)行官 Sam Altman 在 12 月發(fā)推文說:“現(xiàn)在依賴它來做任何重要的事情都是錯(cuò)誤的。這是該技術(shù)探索的預(yù)覽版;我們?cè)诜€(wěn)健性和真實(shí)性方面還有很多工作要做。”目前,與現(xiàn)實(shí)世界的應(yīng)用相比,它可能更適合用于有趣的實(shí)驗(yàn),但作為概念的驗(yàn)證,ChatGPT 可能是人工智能在藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域邁出的具有巨大影響力的一步。



參考文獻(xiàn):

https://openai.com/blog/chatgpt/ 

https://www.nature.com/articles/d41586-023-00107-z

https://www.bbc.co.uk/news/world-us-canada-64252570

https://www.pharmavibes.co.uk/2023/02/03/chatgpt-a-chatbot-with-a-myriad-of-potential-uses-possibly-including-regulatory-affairs/

https://www.researchgate.net/publication/367615640_ChatGPT_in_Drug_Discovery 

https://www.wsj.com/articles/how-ai-that-powers-chatbots-and-search-queries-could-discover-new-drugs-11670428795

https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/63d56c13ae221ab9b240932f

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